まず、休職制度について簡単に説明致します。休職制度とは、私傷病等により労務提供ができないような場合に、私傷病を理由とした解雇を猶予し、療養のために一定期間の就労を免除する制度と言えます。休職制度は 全ての会社が必ず導入しなければならないものではなく、会社が導入の有無を含め、その内容についても自由に設計できるものになります。

　正社員については休職制度を適用している会社が多いですが、有期契約社員について休職制度を適用している会社は少ないように思います。労働契約法第20条では、有期契約労働者と無期契約労働者との間で、期間の定めがあることにより不合理な労働条件を相違させることを禁止しておりますが、その相違が不合理か否かは、職務の内容（労働者の業務の内容および当該業務に伴う責任の程度）、当該職務の内容および配置の変更の範囲その他の事情を考慮して、有期契約労働者にとって不合理と認められるものか否かによって判断されます。

　休職制度の性質から、長期雇用を前提とする（＝無期契約である）正社員にのみ適用し、長期雇用を前提としていない有期契約社員に適用しないことは、不合理とは言えないと考えます。つまり、労働契約法20条を根拠に「契約社員にも必ず休職制度を導入しなければならない」とは判断されないでしょう。

　なお、契約社員に休職制度を適用しない場合は、その都度個別に対応していくかたちになるものと考えます。