労働時間とは、「労働者が使用者の指揮命令下に置かれている時間」を言いますが、当該喫煙時間がこの労働時間に該当するか否かにより、休憩時間としてカウントできるかどうか（＝賃金控除できるかどうか）が決まってくると言えます。

　過去の裁判例をみると、喫煙時間を労働時間として扱うべきか否かについて、「労働時間にあたる」と判断されたものと「労働時間にあたらない」と判断されたものに分かれており、一概に結論づけることが出来ない難しい問題とも言えます。
 

　ただ、過去の裁判例から読み取れる判断の一つの基準として、「喫煙場所が近く、何かあったときにすぐに対応できる場合」は、労働時間と判断されやすい傾向にあり、「喫煙場所が離れていて、何かあったときにもすぐに対応できない場合」は、労働時間ではないと判断されやすい傾向にあると言えます。

　そのため、ご質問のケースにおいて、職場から離れた喫煙場所等で喫煙をしており、喫煙時間中は何かあった場合でも対応しなくて良い、といった実態があれば、当該喫煙時間は労働時間ではないと判断される可能性が高く、休憩時間としてのカウント（＝賃金控除）も可能であると考えます。一方、職場の自席で喫煙していたり職場から離れていても携帯電話等を常に所持していて職場から連絡があったらすぐ対応しなければならないという場合は、喫煙時間の全てを休憩時間としてカウントとするのは難しいと考えます。