ご質問のように、従業員が不法行為等により会社に損害を与えた場合、その損害金を従業員に支払う給与から天引きできるかどうかが問題になりますが、結論から申し上げると、会社が一方的に行うことは出来ません｡

　労働基準法24条では、賃金はその全額を支払わなければならないとされる「賃金の全額払いの原則」が定められております。これには例外規定が設けられており、法令に別段の定めがある場合 (社会保険料や所得税の天引きなど)や労使の書面協定を締結している場合(社宅費や積立金、組合費の天引きなど)に限り、賃金の一部控除が可能となります｡

　つまり、賃金の一部控除を行うことができるのは、前述の場合に限られます。労働基準法24条では、賃金は労働者の生活を支える重要な財源であり、日常必要とするものであるから、これを労働者に確実に受領させ、その生活に不安のないようにすることをその法意の一つとしているためです｡

　従業員の行為によって被った損害額を控除して賃金を支払うということは、損害賠償請求権と賃金とを相殺することになりますが、最高裁も｢労働者の賃金債権に対しては、使用者は、使用者が労働者に対して有する債権をもって相殺することを許されないとの趣旨を包含するものと解するのが相当である｡このことは、その債権が不法行為を原因としたものであっても変りはない｣としています(日本勧業経済会事件  最高裁大法廷  昭36.5.31判決)｡

　ただし、会社と従業員が合意によって、賃金請求権と損害賠償請求権とを相殺することは、それが従業員の完全な自由意思によるものである限り、全額払いの原則によって禁止されるものではないとされています｡

　過去の判例でも、｢労働者がその自由な意思に基づき右相殺に同意した場合においては、右同意が労働者の自由な意思に基づいてされたものであると認めるに足りる合理的な理由が客観的に存在するときは、右同意を得てした相殺は右規定(労働基準法24条) に違反するものとはいえないものと解するのが相当｣ としています（日新製鋼事件 最高裁二小 平2.11.26判決）。なお、同判決では ｢右同意が労働者の自由な意思に基づいてされたものであるとの認定判断は、厳格かつ慎重に行われなければならない｣ としています｡